Детская больница состоит из следующих структурных подразделений: поликлиника, стационар педиатрического, офтальмологического профиля, отделение лучевой диагностики, отделение функциональной диагностики, эндоскопическое отделение, лаборатория, сурдологический центр, стационар дневного пребывания оториноларингологического профиля, офтальмологического профиля, консультативно-диагностическое городское офтальмологическое отделение, отделение медицинской реабилитации, отделение неотложной медицинской помощи и др.
